Oddělení historických sbírek a depozit
Církevní i civilní matriky jsou úřední knihy vedené pro potřeby evidence obyvatelstva, evidují narození, sňatky a úmrtí. Nejstarší pražské matriky jsou církevní, vedli je duchovní správci jednotlivých farností. První dochované matriky z území hlavního města Prahy z konce 16. a začátku 17. století jsou převážně nekatolické (při kostelech u sv. Jindřicha, sv. Štěpána, sv. Tomáše). Vedení matrik v pražské arcidiecézi nařídila roku 1605 pražská synoda na základě směrnic tridentského koncilu z roku 1563. S postupující rekatolizací po roce 1620 přibývaly matriky katolické, které byly záhy vedeny u všech pražských far. Od 2. poloviny 18. století se matriky dostávaly do sféry státních zájmů. Patentem císaře Josefa II. z roku 1781 získaly platnost, právní průkaznost a závažnost veřejných listin. Toleranční patent z roku 1781 umožnil vznik nekatolických matrik, které ovšem nabyly charakteru veřejných listin až během následujících desetiletí. V 2. polovině 19. století vznikly civilní matriky pro potřeby lidí bez vyznání a příslušníky státem neuznaných církví, které byly vedeny u okresních úřadů a v Praze u Magistrátu hl. města Prahy. Od 1. ledna 1950 byla zákonem č. 268/1949 Sb. působnost ve věcech matričních přenesena na národní výbory, které tak převzaly všechny matriky. Starší, uzavřené matriky byly uloženy do státních oblastních archivů, v Praze do Archivu hl. města Prahy.
Základ sbírky tvoří matriky pražských katolických farností z let 1584–1870, jež byly archivu předány v roce 1952. Další přírůstky matrik katolických i nekatolických farních úřadů a civilních matrik přibyly v letech 1975, 1990 a 2004. Dnes tvoří matriky v Archivu hl. města Prahy sbírku čítající přes 2 500 svazků.
I/ Matriky katolických farních úřadů
1) vnitřní obvody městské, tj. čtyři pražská města, v nichž jsou farnosti řazeny abecedně, a Vyšehrad
2) vnější obvody městské seřazené abecedně podle sídla fary
II/ Matriky nekatolických církví
1) evangelických církví
2) pravoslavné církve
3) československé církve
III/ Matriky civilních politických úřadů
1) Magistrát hl. města Prahy - centrální úřad
2) Magistrát hl. města Prahy - obvodní úřadovny
Církevní matriky byly původně součástí farních archivů, v jejichž fondech jsou dnes mj. uloženy také matriční doklady, které sloužily především jako podklady pro zápisy do jednotlivých druhů matrik, např. knihy ohlášek snoubenců, snubní protokoly, vrchnostenská povolení ke sňatkům a další.
Sbírka je zpracována a přístupná veřejnosti - viz prozatímní inventární soupis. Matriky vedené do roku 1784 a poškozené svazky jsou přístupné na mikrofilmových kopiích, ostatní knihy jsou zpřístupněny bez omezení. Sbírka je v současné době digitalizována a reprodukce jsou postupně zpřístupňovány na internetových stránkách Archivu hl. města Prahy (viz Archivní katalog). Nejstarší pražská matrika (matrika narozených fary kostela sv. Jindřicha na Novém Městě pražském), vedená od roku 1584, je zpřístupněna v edici. Viz Matrika narozených kostela sv. Jindřicha na Novém Městě pražském /1584–1600/. Edice, (ed.) Jaroslava Mendelová, Praha 1992 (= Documenta Pragensia Monographia 1).